1996年西沙文物普查取得了很大的收获和一定的工作经验，为进一步实施中国南海诸岛考古项目，尽快地开展对华光礁、北礁等处重要水下文物遗存的抢救发掘工作，更好地保护西沙群岛海域众多的水下历史文化遗产，各个考古队都开始了行动，每个队都分配了不同的工作，但都有一个重要的点，就是负责此次西沙水下考古工作，必须尽最大能力保护好水下的文物遗存。

　　1998年12月到1999年1月，西沙水下考古队在西沙群岛有关海域进行了水下考古工作，这是对西沙群岛水下文物进行的又一次比较全面的考古调查和发掘工作，也是中国水下考古工作者首次独立进行的远海水下考古活动。西沙水下考古队在近40天的时间内，先后对永乐环礁、华光礁、北礁等地进行水下考古调查和发掘，总行程约500海里，换算为今天的计量，大约为930公里。

　　此次水下考古调查主要以水面直观目视的拖拽搜寻或自由搜寻的方法为主，并配合潜水探摸方式进行，工作效果很好，发现了多处文物遗存。同时，还进行了水下测量、水下绘图、水下摄影、水下摄像等考古技术工作。在此次西沙水下考古调查中，共发现了13处古代水下文物遗存，获得了较多的沉船遗址线索，打捞出水一批较有价值的水下文物。其中，主要是在华光礁、北礁及永乐环礁等地确认了5处古代沉船遗址，打捞的出水文物多达1500余件。在出水的1500余件文物中，大多数为陶瓷器，几处古代沉船遗址的出水陶瓷器在釉色和时代上有着一定的区别。基本上是南宋时期福建南部民间窑址所生产的。

　　北礁沉船遗址的瓷器有青瓷和青花，器形有碗、双鱼洗、大盘、罐、器盖等。永乐环礁沉船遗址出水的青瓷、青花瓷器形仅有碗、盘、盏、杯、碟等，均为明、清时期龙泉窑和福建民窑所生产的。整理华光礁1号沉船遗址出水文物1998年西沙水下考古工作的顺利完成，充分表明了中国水下考古工作者可以进行远洋水下考古调查和发掘，它所取得的重要收获，也标志着中国水下考古学迈上了一个新台阶。